摘要：中國(guó)醫(yī)學(xué)科學(xué)院北京協(xié)和醫(yī)學(xué)院的研究團(tuán)隊(duì)近日表明，他們可以通過(guò)分析循環(huán)游離DNA（cfDNA）的突變和DNA甲基化模式來(lái)檢測(cè)肝細(xì)胞癌（HCC）病例。
中國(guó)醫(yī)學(xué)科學(xué)院北京協(xié)和醫(yī)學(xué)院的研究團(tuán)隊(duì)近日表明，他們可通過(guò)分析循環(huán)游離DNA（cfDNA）的突變和DNA甲基化模式來(lái)檢測(cè)肝細(xì)胞癌（HCC）病例。
這篇論文于11月23日發(fā)表在《Science Translational Medicine》雜志上。通訊作者為中國(guó)醫(yī)學(xué)科學(xué)院腫瘤醫(yī)院的焦宇辰研究員、趙宏主任醫(yī)師和曲春楓教授。
在這項(xiàng)研究中，研究人員開發(fā)出一種名為Mutation Capsule Plus（MCP）的新技術(shù)，能夠?qū)蝹€(gè)cfDNA樣本進(jìn)行多重分析，包括同時(shí)檢測(cè)突變和甲基化改變，以及在全基因組范圍內(nèi)發(fā)現(xiàn)甲基化標(biāo)志物。
圖1 通過(guò)分析循環(huán)游離DNA（cfDNA）的突變和DNA甲基化模式來(lái)檢測(cè)肝細(xì)胞癌（HCC）病例（圖源：[1]）
他們最初使用了一種稱為“CpG串聯(lián)靶向擴(kuò)增（CTTA）”的甲基化檢測(cè)和分析方法來(lái)分析30例HCC患者和30例對(duì)照血漿樣本中的cfDNA。他們從中發(fā)現(xiàn)了可提供信息的甲基化標(biāo)志物。
在60例HCC患者和60例對(duì)照的訓(xùn)練隊(duì)列中，他們將這些甲基化線索與DNA突變模式相結(jié)合，建立了一種基于MCP的肝細(xì)胞癌檢測(cè)算法。這種算法基于10個(gè)甲基化標(biāo)志物以及少數(shù)蛋白質(zhì)編碼區(qū)和啟動(dòng)子區(qū)的序列，其表現(xiàn)優(yōu)于單獨(dú)的甲基化或突變分析。
接下來(lái)，研究人員在一個(gè)獨(dú)立的回顧性隊(duì)列中驗(yàn)證了這個(gè)模型，該隊(duì)列包含58例HCC患者和198例對(duì)照。他們發(fā)現(xiàn)其敏感性約為90%，特異性約為94%。
此外，他們將這個(gè)模型應(yīng)用于311例無(wú)癥狀的乙肝病毒攜帶者的前瞻性隊(duì)列中，這些攜帶者的肝臟超聲檢查正常，且血清AFP濃度正常。該模型檢測(cè)到5例肝細(xì)胞癌病例中的4例，表現(xiàn)出80%的敏感性和94%的特異性。
圖2 肝細(xì)胞癌中的循環(huán)腫瘤DNA
作者解釋說(shuō)：“MCP技術(shù)保留并放大了單個(gè)pre-MCP文庫(kù)中的突變和甲基化變化信息，它支持不同下游應(yīng)用中的多項(xiàng)檢測(cè)，包括以前未知的甲基化標(biāo)志物的全基因組篩選，以及突變和甲基化變化的平行分析。”他們指出，多重檢測(cè)并不犧牲敏感性，因?yàn)閜re-MCP文庫(kù)的MCP分析與原始cfDNA樣本的直接分析相當(dāng)。
從更廣泛的角度來(lái)說(shuō)，MCP方法可以幫助人們系統(tǒng)地記錄循環(huán)腫瘤DNA（ctDNA）中出現(xiàn)的DNA甲基化和突變的變化，包括單個(gè)堿基變化、長(zhǎng)的插入缺失（indel）以及其他更復(fù)雜的突變類型。
“這些結(jié)果表明，MCP技術(shù)有望發(fā)現(xiàn)和驗(yàn)證多組學(xué)生物標(biāo)志物，應(yīng)用于癌癥的無(wú)創(chuàng)檢測(cè)，”作者報(bào)告稱。他們還指出，“綜合分析方法能夠比較基于cfDNA的生物標(biāo)志物，并揭示甲基化和突變標(biāo)志物的互補(bǔ)模式用于HCC檢測(cè)。”
參考資料：
[1] Simultaneous analysis of mutations and methylations in circulating cell-free DNA for hepatocellular carcinoma detection
摘要：中國(guó)醫(yī)學(xué)科學(xué)院北京協(xié)和醫(yī)學(xué)院的研究團(tuán)隊(duì)近日表明，他們可以通過(guò)分析循環(huán)游離DNA（cfDNA）的突變和DNA甲基化模式來(lái)檢測(cè)肝細(xì)胞癌（HCC）病例。
中國(guó)醫(yī)學(xué)科學(xué)院北京協(xié)和醫(yī)學(xué)院的研究團(tuán)隊(duì)近日表明，他們可通過(guò)分析循環(huán)游離DNA（cfDNA）的突變和DNA甲基化模式來(lái)檢測(cè)肝細(xì)胞癌（HCC）病例。
這篇論文于11月23日發(fā)表在《Science Translational Medicine》雜志上。通訊作者為中國(guó)醫(yī)學(xué)科學(xué)院腫瘤醫(yī)院的焦宇辰研究員、趙宏主任醫(yī)師和曲春楓教授。
在這項(xiàng)研究中，研究人員開發(fā)出一種名為Mutation Capsule Plus（MCP）的新技術(shù)，能夠?qū)蝹€(gè)cfDNA樣本進(jìn)行多重分析，包括同時(shí)檢測(cè)突變和甲基化改變，以及在全基因組范圍內(nèi)發(fā)現(xiàn)甲基化標(biāo)志物。
圖1 通過(guò)分析循環(huán)游離DNA（cfDNA）的突變和DNA甲基化模式來(lái)檢測(cè)肝細(xì)胞癌（HCC）病例（圖源：[1]）
他們最初使用了一種稱為“CpG串聯(lián)靶向擴(kuò)增（CTTA）”的甲基化檢測(cè)和分析方法來(lái)分析30例HCC患者和30例對(duì)照血漿樣本中的cfDNA。他們從中發(fā)現(xiàn)了可提供信息的甲基化標(biāo)志物。
在60例HCC患者和60例對(duì)照的訓(xùn)練隊(duì)列中，他們將這些甲基化線索與DNA突變模式相結(jié)合，建立了一種基于MCP的肝細(xì)胞癌檢測(cè)算法。這種算法基于10個(gè)甲基化標(biāo)志物以及少數(shù)蛋白質(zhì)編碼區(qū)和啟動(dòng)子區(qū)的序列，其表現(xiàn)優(yōu)于單獨(dú)的甲基化或突變分析。
接下來(lái)，研究人員在一個(gè)獨(dú)立的回顧性隊(duì)列中驗(yàn)證了這個(gè)模型，該隊(duì)列包含58例HCC患者和198例對(duì)照。他們發(fā)現(xiàn)其敏感性約為90%，特異性約為94%。
此外，他們將這個(gè)模型應(yīng)用于311例無(wú)癥狀的乙肝病毒攜帶者的前瞻性隊(duì)列中，這些攜帶者的肝臟超聲檢查正常，且血清AFP濃度正常。該模型檢測(cè)到5例肝細(xì)胞癌病例中的4例，表現(xiàn)出80%的敏感性和94%的特異性。
圖2 肝細(xì)胞癌中的循環(huán)腫瘤DNA
作者解釋說(shuō)：“MCP技術(shù)保留并放大了單個(gè)pre-MCP文庫(kù)中的突變和甲基化變化信息，它支持不同下游應(yīng)用中的多項(xiàng)檢測(cè)，包括以前未知的甲基化標(biāo)志物的全基因組篩選，以及突變和甲基化變化的平行分析。”他們指出，多重檢測(cè)并不犧牲敏感性，因?yàn)閜re-MCP文庫(kù)的MCP分析與原始cfDNA樣本的直接分析相當(dāng)。
從更廣泛的角度來(lái)說(shuō)，MCP方法可以幫助人們系統(tǒng)地記錄循環(huán)腫瘤DNA（ctDNA）中出現(xiàn)的DNA甲基化和突變的變化，包括單個(gè)堿基變化、長(zhǎng)的插入缺失（indel）以及其他更復(fù)雜的突變類型。
“這些結(jié)果表明，MCP技術(shù)有望發(fā)現(xiàn)和驗(yàn)證多組學(xué)生物標(biāo)志物，應(yīng)用于癌癥的無(wú)創(chuàng)檢測(cè)，”作者報(bào)告稱。他們還指出，“綜合分析方法能夠比較基于cfDNA的生物標(biāo)志物，并揭示甲基化和突變標(biāo)志物的互補(bǔ)模式用于HCC檢測(cè)。”
參考資料：
[1] Simultaneous analysis of mutations and methylations in circulating cell-free DNA for hepatocellular carcinoma detection
