乙酰輔酶 A（Ac-CoA）是糖酵解的終產物，參與 Ac-CoA 途徑，這是碳化合物的代謝途徑。Ac-CoA 在膽固醇合成中十分重要。它還參與脂肪酸的生物合成和多胺（如精胺和亞精胺）的分解代謝。低水平的 Ac-CoA 導致神經膠質細胞和神經元功能的喪失。酮體和甘油三酯在水解時產生 Ac-CoA，這間接導致組蛋白乙酰化增加。

乙酰輔酶 A 用于使用放射性同位素測定細胞提取物中的 CAT 酶活性。細胞提取物中的 CAT 酶活性催化乙酰基從乙酰輔酶 A 轉移到氯霉素。已經開發了許多測定來測量細胞提取物中的 CAT 活性。乙酰輔酶 A 也已用于測定檸檬酸合酶活性。